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全基因芯片


一、嘉美实验全基因芯片简单介绍
OneArray plus Kit 进行表达谱芯片实验 (RNA 放大、标定与芯片杂交),并且利用 Agilent Extended Dynamic Range (XDR) 技术读取并分析芯片杂交讯号,增加可辨识的讯号动态范围至 10 以上! 提升芯片平台的灵敏度与专一性,使得以往因表达过低而无法测得数据的基因进入可分析范围。以分析软体 Rosetta Resolver 进行数据前处理,搭配统计分析、功能分析线上资料库 MetaCore 及 Cytoscape 等分析软体及华联生物资讯团队自行建构的分析模组,为客户进行各类数据分析服务。 [注意] OneArray Plus 之实验流程与旧方法不同,因此新旧两种检测方法的结果无法互相比较;旧客户如欲进行延续性实验,请使用旧方法。
二、全基因芯片送样要求
DNA 样品品质对于检测有关键性的影响,为了避免重新送样造成流程的延宕,建议您于送样前,请务必先进行简易的样品定量定性分析,例如样品纯度测试 (OD260、OD280、OD230、OD260/OD280、OD260/OD230)、电泳等,以确认 DNA 样品基本的品质及量。 
 
1、OneArray芯片检测服务类型及 RNA 样品标准
检测服务类型及 RNA 送样量 (样品为 total RNA) 
(如果您有足够的样品量,一般建议客户提供 6 μg 以上的 total RNA)

 

2、Agilent检测服务类型及 RNA 送样量 (样品为 total RNA) 
(如果您有足够的样品量,一般建议客户提供 6 μg 以上的 total RNA)
RNA 品质要求
3、样品寄送要求
建议您使用冷冻宅配的方式,加入大量的干冰进行样品的保存,依下图建议的流程进行样品的包装…. 
 

 
 
三、全基因芯片检测报告
检测服务报告包含“RNA QC 报告”及 “芯片检测报告”。前者是在正式进行实验前先确定所有样品皆达到 QC 标准, 报告以电子邮件寄送;后者为完成服务后,实验数据及分析结果的整理,可利用华联所提供的 “实验数据传输系统” (Data Delivery System,简称 DDS) 系统, 全球即时下载报告及分析的数据,每一客户皆拥有专属帐号与密码,以确保资料的安全性。 
 
RNA QC 报告
收样后,所有样品随即进入品质检测流程,检测结果将整理成 “RNA 品质检测报告”。当所有样品皆达到达到标准时,服务实验将接续进行;倘若有样品未达到标准规格时, 业务专员将会知会您“重新送样”,但若因样品备制不易,需以 “未合格之样品继续进行代检服务”时, 虽然样品品质可能对检测结果造成不可预期的影响,华联的技术团队将以累积的丰富经验,尽量满足客户的需求。 重新送样时,请重新制备 RNA 样品,我们将免费进行第二次品质检测,若送样超过第二次时, 将另外酌收品质检测分析费用。 
 
芯片检测报告
报告包含的内容: 
 

 
四、OneArray plus 与旧检测方法比较
使用人类表达谱芯片 (Human OneArray) 作测试,全新芯片检测技术 OneArray Plus 的探针平均讯号强度 (Cy5 Intensity) 与内部杂交对照探针 (Intrinsic Hybridization Control) 强度,比旧的检测方法超出 2 倍萤光讯号。由于 OneArray Plus 相当于大幅度地提升了芯片的灵敏度,许多以往因表达过低而无法测得数据的基因探针,可以利用此新技术分析其基因表现。
 

 
数据验证
以 Human reference RNA 及 Human Brain RNA 为测试样品,利用 OneArray Plus Kit 进行 RNA 放大、萤光标记与芯片杂交。取 5 μg 的 aRNA (以 Cyanine 5 标记) 进行杂交反应后,以 Human reference RNA 为基础,计算Human Brain RNA / Human reference RNA 比值。挑选出上调、下调及未明显差异表达的基因,同时进行 qPCR 的实验。将芯片数据与 qPCR 结果相比较,结果显示 OneArray Plus 数据与 qPCR 结果的相关性达 0.913。与旧方法比较, OneArray Plus 有效基因数更多、与 qPCR 相关性更高、资料压缩程度更低。
重复性与再现性
重复性 (Repeatability) 测试是使用相同 Hela RNA 样本进行三片 OneArray Plus 芯片实验,再现性 (Reproducibility) 测试则是由两位操作人员使用相同 Hela RNA 样本,分别进行两次实验。表格中红色区域是重复性试验,各实验间的整体相关系数 R = 0.988~0.993,白色区域是再现性试验,各实验间的整体相关系数 R = 0.978~0.995,显示相同样品的芯片数据间具有绝佳的重复性与再现性。
 
 
灵敏度 / 动态范围测试
对于一般的表达谱芯片实验,样本中的基因表现量往往超过传统芯片扫描器能够支援的16-bit侦测动态范围,造成实验人员的困扰:若采用高灵敏度的扫描设定,虽然可以侦测到低信号的探针点,但将会产生许多基因探针的讯号达到饱和而无法分辨其表现差异。若采用低灵敏度的扫描设定,则有许多低讯号的基因探针无法分析。 Agilent extended dynamic range (XDR) 技术针对同一片芯片,以最高灵敏度的 PTM 设定与低灵敏度的 PTM 设定,进行两次扫描,再将两次的扫描结果经过运算合并成一个数据,不但原本讯号饱和的基因探针可以分辨其 Cy5 Intensity 差异,更能够侦测到许多原本讯号极低或无讯号的基因探针,大大地增加了可分析的基因探针点数。
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